いつまでに撤去するかの目標設定は「処分業者自身の自由な判断で行えること」ですから可能と思われます。

法曹くずれさんの言われる判例を見ましたが、処分場を廃止する期限を設定した協定の効力を認めたものであって、廃棄物の撤去期限を定めた協定にも当てはめることが出来るのでしょうか？

「条例」で期限を定めるのは法的に無効とされる可能性が高いですが、「協定」はまさに「民法上の私的契約」ですから期限を定めることは可能です。平成２１年７月１０日の最高裁判決が「処分業者が、公害防止協定において、協定の相手方に対し、その事業や処理施設を将来廃止する旨を約束することは、処分業者自身の自由な判断で行えることであり、その結果、許可が効力を有する期間内に事業や処理施設が廃止されることがあったとしても、同法に何ら抵触するものではない。」としています。ただし、その協定が双方の合意ではなく実質的に一方からの押しつけだった場合には「無効」になると解釈されています。「管理目標値を法令基準値よりも厳しくして回数は法令どおりにしたい、という事業者の要望があった」ということは、水質検査の回数増に双方の合意が得られなかった、ということを意味しているのだと思います。
なお、今回の協定には期限について「直ちに」とか「速やかに」といった文言があるようですが、法律用語としては、即時性の高い順に「直ちに」「すみやかに」「遅滞なく」という文言を使い分けます。「直ちに」とは、「即時に」「まさにすぐに」という意味で用いられます。いかなる理由をもってしても遅れてはならない、と解釈されます。「すみやかに」とは「可能なかぎり早急に」という意味で用いられます。「遅滞なく」とは、「事情の許す限りはやく」という意味で用い、正当な理由があれば遅れても構わない、と解釈されます。なお、銃刀法はかつて「すみやかに」という文言を使っていましたが、法改正で「２０日以内に」という具体的な期限に書き換わりました。すべての法令や協定で「すみやかに＝２０日以内」という解釈が当てはめられるというわけではありませんが、一つの目安にはなろうかと思います。
記事によると、今回の協定案には「速やかに搬入産業廃棄物を全量除去」という取り決めがあるようですね。常識的な解釈としては、速やかに全量除去を「完了」することを取り決めているとみてよいと思いますが、「速やかに着手すれば足りる」と事業者が都合のよいように解釈できてしまう恐れがあると感じました。こうした協定は一字一句こだわって組み上げる必要があります。

法律上の強制的権限がないから。
民法上の私的契約に過ぎないから。
訴えられたら負けるから。

＞この点について、市当局は「管理目標値を法令基準値よりも厳しくして回数は法令どおりにしたい、という事業者の要望があった。市は独自にｐＨを随時測定していく」と説明した。

なんで、こんな弱腰なん？